Resuli Ekrem (a.s.m.), bir hadisinde, 'ahir zaman'da ümmetinin Yahudi ve Hıristiyanların peşine düşme durumunda olacağını belirtir ve buna karşı uyarıda bulunur. "Öyle ki," der, "onlar bir zehirli kertenkele çukuruna girseler, siz de arkalarından gireceksiniz." Kertenkele Çukuru, başlığını bu hadisten alıyor ve seçtiği üç konuyu bu çerçevede inceliyor. Öncelikle Yahudi-Hıristiyan dünyasında boy vermiş milliyetçilik ve dünyevileşmenin, keza ilhamını yine Batıdan alan Kemalizmin imani açıdan tahlilini yapıyor. Ve en önemlisi, bu üç olgunun iç dünyalara ve gündelik hayata nüfus eden yönlerini cesaret ve içtenlikle sorguluyor. Ebed yurduna uzanan yolculuğunda çukurlara düşmemek isteyen her insanın bu küçük kitaptan alacağı anlamlı hisseler bulunuyor.